Nascido em 7 de novembro de 1847, East Liverpool, Ohio; rejeitou, logo de primeira, vender suas canções para uma editora comercial, Thompson começou a sua própria editora. Mais tarde, ele expandiu, abrindo uma loja para vender pianos, órgãos e partituras. Tanto como um letrista e compositor, ele sempre lembrava das palavras ou melodias que viesse a ele em momentos ímpares: "Não importa onde eu esteja, em casa, hotel, na loja ou em viagem, se uma idéia ou tema vem-me que eu considere digna de uma canção, eu anoto aquilo em verso, ou em qualquer papel, desta forma, eu nunca vou perdê-lo."
Thompson ficou doente durante uma turnê pela Europa, e sua família interrompeu suas viagens para voltar para casa. Ele morreu uma semana depois.
Faleceu em 20 de setembro de 1909, Nova York, Nova York.
Enterrado: Cemitério de Riverview, East Liverpool, Ohio.
Suas composições estão nos hinos:
002 - Grandioso é o nosso Deus.
331 - Sinto o Senhor, por fé, em mim.