Filho de um pastor batista, Perkins veio de uma família de 10 crianças que cantava e tocava vários instrumentos. Durante o pastorado de seu pai em Hamilton, Nova York, os ensaios do coro foram muitas vezes realizada no presbitério, o líder colocaria aos três anos de idade em um banquinho, em cima da mesa em torno do qual o coro foi montado, dando-lhe a oportunidade de ver e ouvir. Mais tarde, Perkins tocaria o violoncelo na igreja, de pé sobre um banquinho para dedilhar o instrumento.
Em 1839, a família se mudou para Nova York, onde estudou a Theodore piano forte. Por 19 anos, enquanto trabalhava como balconista, ele usou todo o seu tempo livre para estudar canto e piano. Em 1851, ele foi para Hamilton, Nova York, para ensinar música na Universidade de Madison (mais tarde, Colgate) e no Seminário Feminino.
Em 1854, Perkins foi para Port Jervis, Nova Iorque, onde ensinou canto. Em 1855, ele se casou com Maria Caskey, que durante anos foi o soprano solista em vários eventos. Logo após o casamento, eles se mudaram para Salem, Nova Jersey. No verão de 1856, ele e sua esposa estudou na Academia de Música Normal no North Reading, Massachusetts, em Lowell Mason e Raiz George. Em 1859, Perkins se tornou co-diretor, com William Bradbury, da Academia Normal de Música Geneseo, Nova York. Ele também trabalhou nas escolas do Norte Pelham, Ontário, Canadá, e em Tunkhannock e Meadville, Pensilvânia, e atuou como diretor musical de várias igrejas em Brooklyn, Nova York e Filadélfia, Pensilvânia. Ele também ensinou a "cultura" voz da Universidade de Princeton e Universidades Lafayette, o Union Theological Seminary, e Crozer Seminário.
No hinário CCB, encontramos o hino: 299 - Quando vier do céu.