Nascido em 8 de maio de 1829, New Orpende, Louisiana.Filho de um negociante judeu de Londres e de uma haitiana creole, Gottschalk nasceu e foi criado em Nova Orleans onde foi exposto a uma grande variedade de influências musicais. Aprendeu a tocar piano muito cedo e logo foi reconhecido como um prodígio neste instrumento. Em 1840 deu seu primeiro concerto público no hotel St. Charles.
Dois anos depois, deixou os Estados Unidos e foi para a Europa a fim de receber treinamento em música erudita, que ele sabia ser importante para as suas ambições artísticas. O Conservatório de Paris rejeitou sua matrícula inicialmente e Gottschalk só conseguiu aos poucos seu reconhecimento no meio musical francês através de amigos.
Após seu retorno à América em 1853, Gottschalk viajou freqüentemente. Uma longa viagem a Cuba em 1854 marcou o início de uma série de viagens à America Central e América do Sul. Por volta de 1860, Gottschalk havia se estabelecido como o mais importante pianista do Novo Mundo. Apesar de nascido em Nova Orleans, na Louisiana, um estado sulista, ele apoiava a causa da União durante a Guerra Civil Americana. Mesmo retornando à sua cidade com pouca freqüência, ele sempre se apresentava como nativo de Nova Orleans. Em 1865 ele foi forçado a deixar os Estados Unidos como resultado de um caso escandaloso com uma estudante do seminário feminino de Oakland.
Escolheu viajar novamente para o Brasil, onde continuou a dar muitos concertos. Estava em temporada no Rio de Janeiro, tocando no Teatro Lírico Fluminense, quando sentiu-se mal, vítima de apendicite, em 24 de novembro de 1869. Um fato muito comentado à época é que ele acabara de tocar sua peça romântica Morte!! logo antes de seu colapso, mas de fato o colapso ocorreu quando ele iniciava a interpretação da peça Tremolo.
Seu médico lhe recomendou uma temporada num hotel no alto da Tijuca (atual Alto da Boa Vista). Ali ficou por cerca de três semanas, vindo a morrer logo após, em seu quarto no hotel. Seus restos foram trasladados para seu país de origem e ele se encontra atualmente enterrado no cemitério Green-Wood no Brooklyn, Nova York.
A música de Gottschalk foi muito popular durante sua vida e suas primeiras composições causaram sensação na Europa. Algumas peças, como "Le Bananier" e "Bamboula" eram baseadas nas memórias de músicas ouvidas durante sua infância na Louisiana e foram consideradas magnificamente exóticas pelos críticos europeus. Ao longo de sua carreira, Gottschalk usou uma grande variedade de material não tradicional e étnico em grande parte de suas composições. Exemplos notáveis incluem "Souvenir de Porto Rico" e "The Banjo, Grotesque Fantasie". Estas peças étnicas e de caráter nacionalista eram consideradas suas melhores composições. Uma de suas composições mais conhecidas no Brasil é a "Grande Fantasia Triunfal Sobre o Hino Nacional Brasileiro", uma série de variações sobre a música de de Francisco Manuel da Silva. Esquecida por muitos anos, esta peça tornou-se novamente popular ao ser utilizada pela Rede Globo na transmissão do cortejo fúnebre de Tancredo Neves em 1985. Foi gravada pela pianista Eudóxia de Barros.
Gottschalk também foi muito bem sucedido como compositor de peças mais tradicionais. Composições sentimentais como "The Dying Poet" estavam entre as favoritas no repertório de muitas jovens pianistas amadoras. Sua mais famosa composição neste estilo é "The Last Hope, Religious Meditation" que alcançou imenso sucesso durante sua vida e por muitas décadas após sua morte. Muitos críticos consideram que as composições de salão de Gottschalk como datadas, musicamente superficiais e insignificantes, em comparação com suas peças de música étnica americana. No entanto, ele agora começa a ser redescoberto uma vez que a música erudita moderna tem se tornado mais complexa e desvinculada do ouvinte. Neste contexto, algumas de suas composições, assim como a ópera de 13 minutos "Cuban Country Scenes" retém uma doçura e charme maravilhosamente inocentes.
Foi enterrado no Cemitério São João Batista, Rio de Janeiro, Brasil; E posteriormente no Cemitério Greenwood, Brooklyn, New York.
Hinos compostos por ele:
363 - Ó Jesus, és meu Guardião.
Hinos compostos por ele:
363 - Ó Jesus, és meu Guardião.